氣相色譜儀由六大單元組成，任一單元出現問題終都會反映到色譜圖上?，F代的氣相色譜儀很多都具備故障診斷功能，不同程度地給出儀器故障的判斷。盡管如此，許多的問題尤其操作失誤的問題仍需靠工作人員的努力。故障和失誤可以采用逐個單元檢查排除法，本文從分析人員的角度來討論儀器故障的排除和分析人員操作失誤或操作不當引起問題的排除。
　　氣相色譜儀在安裝時對環境有一定的要求，具體如下：
　　1)環境環境溫度應在5~350C相對濕度<85。
　　2)室內應無腐蝕性氣體，離儀器及氣瓶3m以內不得有電爐和火種。
　　3)室內不應有足以影響放大器和記錄儀（或色譜工作站）正常工作的強磁場和放射源。
　　4)電網電源應為220V（進口儀器必須根據說明書的要求提供合適的電壓），電源電壓的變化應在5~10范圍內，電網電壓的瞬間波動不得超過5V。電頻率的變化不得超過50Hz的1（進口儀器必須根據說明書的要求提供合適的電頻率）。采用穩壓器時，其功率必須大于使用功率的1.5倍。
　　5)儀器應平放在穩定可靠的工作臺上，周圍不得有強震動源及放射源，工作臺應有1m以上的空間位置。
　　6)有的氣相色譜儀要求有良好的接地，接地電阻必須滿足說明書的要求（美國規定綠色是地線，黑色是火線，白色是零線；英國規定綠/黃色是地線，褐色是火線，藍色是零線）。
　　7)氣源采用氣瓶時，氣瓶不宜放在室內，放室外必須防太陽直射和雨淋。