三菱系列PLC程序流程控制應用指令共有十條，指令編號為FNC00～FNC09。它們在程序中的條件執行與優先處理，與順控程序的控制流程有關。

    一、條件跳轉指令

    條件跳轉指令CJ（ConditionalJump，FNC00）用于跳過順序程序中的某一部分，以控制程序的流程。指針P（Point）用于指示分支和跳步程序，在梯形圖中，指針放在左側母線的左邊。

    二、子程序調用與返回指令

    子程序是為一些特定的控制目的編制的相對獨立的程序。子程序調用指令CALL（Sub-RoutineCall，FNC01）用于子程序的調用，各子程序用指針P0～P62及P64～P127表示。

    三、中斷指令

    中斷是計算機所特有的一種工作方式，指主程序的執行過程中，中斷主程序的執行去執行中斷子程序。系列PLC的中斷事件包括輸入中斷、定時中斷和高速計數器中斷。

    四、主程序結束指令

    主程序結束指令FEND（FirstEnd，FNC06）表示主程序的結束和子程序的開始。

    五、監控定時器指令

    監控定時器又稱看門狗，在執行FEND和END指令時，監控定時器被刷新（復位），PLC正常工作時掃描周期小于它的定時時間。

    六、程序循環指令

    程序循環指令由FOR及NEXT兩條指令構成。

    FOR指令用來表示循環區的起點，NEXT表示循環區終點，FOR與NEXT之間的程序被反復執行，執行完后，執行NEXT后面的指令。