伴隨著液-質(zhì)聯(lián)用接口技術(shù)的發(fā)展，質(zhì)譜儀器本身也在不斷發(fā)展，出現(xiàn)了多種類型的質(zhì)譜檢測(cè)器。目前比較常用的質(zhì)譜儀器有：四極桿質(zhì)譜儀、四極桿離子阱質(zhì)譜儀、飛行時(shí)間質(zhì)譜儀和離子回旋共振質(zhì)譜儀等 。
    四極桿質(zhì)譜
    目前，四極桿質(zhì)量濾器的應(yīng)用仍然為廣泛。三級(jí)四極桿質(zhì)譜儀的選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)（selected-reaction monitoring, SRM）模式適于進(jìn)行常規(guī)的和高通量的生物分析。四極桿工藝的改進(jìn)和強(qiáng)穩(wěn)定性的射頻（RF）大大提高了質(zhì)譜的分辨率，分辨質(zhì)量數(shù)的寬度達(dá)到0.1Da，提高了分析化合物的選擇性。隨著對(duì)三級(jí)四極桿質(zhì)譜中碰撞池的改進(jìn)，出現(xiàn)了高壓線形加速碰撞池，提高了對(duì)傳送離子的能力，降低了物質(zhì)間的干擾，大大提高了對(duì)多組分生物化合物的分析能力。在所有的質(zhì)譜分析儀中，四極桿質(zhì)譜儀的定量分析結(jié)果的準(zhǔn)確度和精密度好。
    四極桿離子阱質(zhì)譜
    在闡明化合物的結(jié)構(gòu)方面，三維的四極桿離子阱得到廣泛的應(yīng)用。與此相關(guān)的革新主要有基質(zhì)輔助激光解吸離子化源、大氣壓基質(zhì)輔助激光解吸離子化源、紅外多光子光離解技術(shù)的發(fā)展，以及使用離子阱分析堿性加合離子與金屬配位產(chǎn)物的研究。近些年，線形二維離子阱的生產(chǎn)，取得了突破性的進(jìn)展。這種線形二維離子阱與三維離子阱一樣可以對(duì)化合物做多級(jí)質(zhì)譜分析，此外還可以積累更多的離子，提高了檢測(cè)的靈敏度。在與線形加速碰撞池離子化源連接后，可大大提高靈敏度，避免小分子量碎片的干擾，得到更整潔、美觀的色譜峰。
    飛行時(shí)間質(zhì)譜
    隨著基質(zhì)輔助激光解吸離子化技術(shù)的出現(xiàn)和計(jì)算機(jī)的發(fā)展，飛行時(shí)間質(zhì)譜儀在20 世紀(jì)90 年代得到快速發(fā)展。目前，好的飛行時(shí)間質(zhì)譜分析儀分辨率能夠達(dá)到20,000 Da，測(cè)得分子的質(zhì)量數(shù)準(zhǔn)確度非常高。飛行時(shí)間質(zhì)譜儀在很大程度上取代了高分辨雙聚焦磁扇分析儀，但其不能有效地利用選擇離子監(jiān)測(cè)模式進(jìn)行分析。在高分辨質(zhì)譜的選擇離子監(jiān)測(cè)模式分析中仍然主要使用雙聚焦質(zhì)譜儀。為了使用分辨率高的質(zhì)譜分析化合物的二級(jí)質(zhì)譜圖，人們嘗試將飛行時(shí)間質(zhì)譜與其它質(zhì)譜串聯(lián)使用，目前使用比較多的是具有突破性技術(shù)的新一代四極桿飛行時(shí)間質(zhì)譜系統(tǒng)（AB SCIEX TripleTOF 5600+），確保系統(tǒng)能獲得高準(zhǔn)確度的質(zhì)譜數(shù)據(jù)和定量檢出限。
    傅立葉變換離子回旋共振質(zhì)譜
    許多年以來，傅立葉變換離子回旋共振質(zhì)譜（Fourier-transform ion-cyclotron resonance mass spectrometry, FT-ICR-MS）在氣相離子-分子反應(yīng)的基礎(chǔ)研究中成為有效的手段。該質(zhì)譜與ESI離子源聯(lián)接后被廣泛地應(yīng)用于生物大分子的研究，能夠充分發(fā)揮其高分辨率和準(zhǔn)確度的優(yōu)勢(shì)。基于傅立葉變換離子回旋共振池內(nèi)離子的四極激發(fā)，該質(zhì)譜可以選擇地累積非共價(jià)鍵復(fù)雜化合物的離子，使其能夠分析分子量非常大的生物大分子化合物，如分析分子量高達(dá)108Da 的大腸桿菌噬菌體的T4DNA，成為該質(zhì)譜儀發(fā)展的重要里程碑。該質(zhì)譜儀通過射頻脈沖消除其它離子的干擾選擇性地捕獲目標(biāo)離子到離子回旋共振池內(nèi)，也能夠進(jìn)行多級(jí)質(zhì)譜分析。當(dāng)前又有許多新的離子裂解方法應(yīng)用到傅立葉變換離子回旋共振質(zhì)譜儀，如碰撞誘導(dǎo)裂解、激光致光裂解或紅外多光子光裂解、表面誘導(dǎo)裂解、黑體紅外輻射裂解、電子捕獲裂解等，又進(jìn)一步改善了這種質(zhì)譜儀分析的性能。
    除上面描述的常見的幾種接口技術(shù)和質(zhì)譜儀之外，還有其它的一些產(chǎn)品不斷問世。近十年來，人們?cè)谝?質(zhì)聯(lián)用技術(shù)的研究方面已經(jīng)將研究的重點(diǎn)轉(zhuǎn)移到研制適合某種分析領(lǐng)域的強(qiáng)優(yōu)勢(shì)的技術(shù)，并加速產(chǎn)品的商業(yè)化。總之，液-質(zhì)聯(lián)用分析技術(shù)的發(fā)展取決于液-質(zhì)聯(lián)用接口技術(shù)和質(zhì)譜分析儀技術(shù)的共同發(fā)展。通過合適的接口將液相色譜與質(zhì)譜儀聯(lián)接，會(huì)獲得具有特殊分析性能的液-質(zhì)聯(lián)用儀器，另外通過接口將質(zhì)譜與質(zhì)譜進(jìn)行串聯(lián)，可以彌補(bǔ)各種質(zhì)譜儀的不足，達(dá)到取長補(bǔ)短，協(xié)同提高的效果。