氧彈熱量計相對一般的實驗室分析設備的安全問題主要有兩個：水與高壓爆炸。
　　1）水
　　水可以說是目前所有氧彈熱量計的導熱介質（干式熱量計雖然測量時沒有用水導熱，但氧彈冷卻還是用的水），但對實驗室儀器來說，水是容易引起安全問題的，比如水的溢出導致的儀器設備短路或露電。
　　造成儀器溢水或滲水的主要是儀器故障造成的溢水或是儀器管路老化損壞造成的滲水。對于知名的品牌設備基本都設有多重的溢水保護措施以保證儀器發生再嚴重的故障時也可以避免安全事故的發生；而對于滲水問題，則需要用戶定期檢查儀器管路是否老化，這方面主要的就是生產廠家對管路接頭的選材，好的材料用戶可以間隔得久一些檢查一次，而覺得不放心的，則應檢查得頻繁些。
　　2）高壓爆炸
　　高壓爆炸的風險是氧彈熱量計實驗室分析中應特別注意的問題，這方面的安全警示在所有正規廠家的產品說明書中均有提及。對于一般的可燃物在氧彈在燃燒，在點火的幾秒鐘時間里，氧彈的中心溫度很快上升到1000℃左右，氧彈內樣品的劇烈燃燒和氣體受熱膨脹，可使氧彈內的壓力快速升到約20MPa，如果氧彈的安全耐壓不夠，確實有爆炸的可能。
　　對于固體廢物的熱值分析，因樣品本身存在強腐蝕性的可能，在經常進行強腐蝕性樣品熱值分析的實驗，這方面的安全問題應重點防范。主要的防護措施就是選用耐腐蝕性氧彈、發現氧彈彈筒腐蝕嚴重時應及時更換、定期進行氧彈的耐水壓測試、做實驗室禁止靠近氧彈正上方等。